O princípio da filtragem mecânica é simples. O objectivo é remover fisicamente as partículas e desperdicio da água do aquário. Muitas vezes algo fino como algodão, dracalon e outros materiais sintéticos são usados para capturar detritos, matéria vegetal morta e outros restos.
Os filtros mecânicos precisam de ser removidos, limpos e substituídos regularmente. Caso contrário, os resíduos acumular-se-ão e decompôr-se-ão, continuando a diminuir a habitabilidade do ambiente do aquário. Isso provoca grande stress sobre os peixes e outros habitantes do aquário. Um dos segredos para o sucesso dos cuidados com o aquário em todas as aplicações é fazer a manutenção dos filtros mecânicos. Substituir esta camada filtrante ajudará a garantir o sucesso a longo prazo do aquário.